A falta da opção Temas é uma reclamação recorrente de administradores de domínios que fazem uso do Google Apps. O que chama a atenção é que a falta da opção não segue um padrão. Eu mesmo tinha um domínio com a opção, e dois sem ela.
Como o GApps não tem fórum em português, muitos admins acabam procurando o fórum do Gmail para elucidar essa e outras dúvidas. Para sanar essa questão, e diminuir um pouco o fluxo de perguntas redundantes no fórum, resolvi fazer um passo a passo, explicando como ativar a opção.
A primeira coisa que o administrador deve fazer é acessar o Painel de Controle do Google Apps, que deve ser feito através do endereço http://www.google.com/a/dominio.com.br, substituindo, é claro, pelo domínio em questão. Caso já esteja no webmail, basta clicar em Gerenciar este domínio.

Uma vez logado no Painel de Controle, acesse a opção Configurações do domínio. Dentro de Novos recursos e recursos em teste, marque a opção Ativar recursos em teste e clique em Salvar alterações.
Em um período máximo de 48 horas, a opção Temas estará disponível aos usuários do domínio.
Caso tenha alguma dica de post que gostaria de ver no Google Discovery, envie-a para contato @ googlediscovery.com. ;)
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Entendi. Muito importante esse tipo de tutoriais e dicas para podermos explorar melhor esses recursos.
Estranho. Eu tinha ativado esta opção e os temas nunca foram liberados. Uso o Google App há cerca de 1 ano.
Tenho a opção ativada desde sempre, mas nada de temas…